১৯৮১ সাল থেকে সোনাপুর কলেজে শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের আলোকে একদশ শ্রেণি ও দাদ্বশ শ্রেণিতে শ্রেণি কার্যক্রম পরিচালনা করে আসছে। দক্ষ শিক্ষকমন্ডলি, নয়নাভিরাম প্রাকৃতিক পরিবেশ এবং মাল্টিমিডিয়ার মাধ্যমে সোনাপুর কলেজে একাদশ ও দাদ্বাশ শ্রেণিতে পাঠদান পরিচালিত হয়। বর্তমানে  একাদশ ও দ্বাদশ শ্রেণিতে মানবিক, ব্যবসায় শিক্ষা ও বিজ্ঞান বিভাগে শ্রেণি কার্যক্রম পরিচালিত হয়। বর্তমানে  একাদশ ও দ্বাদশ শ্রেণিতে প্রায় ২০০০ ছাত্র-ছাত্রী ভর্তি আছে।